弗洛伊德提出的“潜意识”理论认为，人的心理活动分为意识、前意识和潜意识三个层次，其中潜意识是被压抑的、无法直接感知的本能冲动、欲望、创伤经历等，是心理活动的深层基础，对人的行为和心理有重要影响。现代神经科学通过多种研究方法，为弗洛伊德潜意识理论的部分假设提供了实证支持，同时也引发了新的讨论。
fMRI研究显示被压抑记忆的神经基础
功能性磁共振成像（fMRI）研究证实，即使个体无法主动回忆被压抑的记忆（如创伤性事件），与情绪处理相关的脑区（如杏仁核）仍会被激活。这表明潜意识中的记忆可能通过非意识途径影响情绪反应，与弗洛伊德提出的“被压抑内容持续寻求释放”的观点一致。例如，一项针对创伤后应激障碍（PTSD）患者的研究发现，当患者接触与创伤相关的中性刺激时，杏仁核会异常活跃，而患者本人并未意识到这种关联。
内隐记忆实验揭示无意识信息的影响
内隐记忆（无需主动回忆即可影响行为）的研究表明，个体可能对某些信息无意识，但这些信息仍会通过启动效应等方式影响决策。例如，在“词干补全”实验中，被试者即使未意识到之前接触过某些词汇，仍会倾向于用这些词汇完成词干。这种无意识信息对行为的渗透，与弗洛伊德关于潜意识驱动行为的假设相呼应。
潜意识符号的跨文化特异性
跨文化心理学研究发现，不同社会对“可接受欲望”的界定差异会导致潜意识内容的文化特异性。例如，在集体主义文化中，个体可能更压抑对个人成就的直接表达，转而通过隐喻或象征方式（如艺术创作）间接释放。这种文化对潜意识表达的塑造，支持了弗洛伊德关于潜意识内容受社会规范影响的观点。
潜意识反映本质的争议
弗洛伊德认为潜意识是与外部世界无关的精神实体，但现代神经科学表明，潜意识本质上是主体对客体的反映，只是这种反映是非自觉的、模糊的。例如，fMRI研究显示，当被试者处理模糊情感信息时，大脑会同时激活与自我认知和外部刺激相关的脑区，表明潜意识并非完全独立于外部世界。
本能冲动作用的重新评估
弗洛伊德过分夸大了潜意识中本能冲动对精神生活的决定作用，认为思维和意识是潜意识的衍生物。然而，现代神经科学强调，意识与潜意识是动态交互的。例如，前额叶皮层（负责理性决策）与边缘系统（负责情绪）的持续对话，表明意识能够调节潜意识冲动，而非完全被动接受。
社会历史性的神经科学视角
弗洛伊德对潜意识的概念规定及其对心理结构的描述，离开了人的历史发展和社会实践。现代神经科学则通过“社会神经科学”分支，揭示了社会环境如何塑造潜意识。例如，一项针对贫困儿童的研究发现，长期经济压力会改变杏仁核与前额叶的连接模式，导致个体对威胁的过度敏感，这种神经适应性变化反映了社会环境对潜意识的深刻影响。
